Składka zdrowotna liczona od dochodu czy uzależniona od wysokości przychodów stała się jednym z kryteriów wyboru formy opodatkowania przez przedsiębiorców przy prowadzeniu działalności gospodarczej. Sposób rozliczania składek zdrowotnych od 2022 roku zależy więc od formy opodatkowania. Na zasadach ogólnych- przy wyborze skali podatkowej - składki nie wywołują skutków podatkowych, więc zwrot składek nie ma znaczenia podatkowego. Przy opodatkowaniu podatku liniowym składki zdrowotne mogą być zaliczone do kosztów uzyskania lub odliczone od dochodu. Zwrot składek oznacza zatem konieczność skorygowania kosztów. W przypadku ryczałtu zaś podatnik może odliczyć od przychodu 50% zapłaconych składek zdrowotnych. Tu również zwrot składek oznaczać może konieczność skorygowania odliczenia.

Przypomnijmy, iż na mocy art. 23 ust. 1 pkt 58 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów składek na ubezpieczenie zdrowotne, z wyjątkiem składek na ubezpieczenie zdrowotne zapłaconych w roku podatkowym na podstawie ustawy z o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych:
 

a) z tytułu pozarolniczej działalności gospodarczej opodatkowanej podatkiem liniowym,
b) za osoby współpracujące z podatnikiem opodatkowanym w formie liniowej
- przy czym łączna wysokość tych składek zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów lub odliczonych od dochodu nie może przekroczyć w 2023 roku 10200 zł (w 2022 r. limit ten wynosił 8700 zł).

Korekty dokonuje się w części, w jakiej kwota składek zdrowotnych zaliczona do kosztów podatkowych mieści się w tej nadpłacie. Jeżeli zatem np. podatnik zaliczył do kosztów składki w kwocie 8700 zł, ale zapłacił 20000 zł składek i otrzymał zwrot 5000 zł będzie to neutralne podatkowo. Obowiązek doliczenia do dochodu zwróconych kwot w zeznaniu rocznym za 2023 r. (zgodnie z art. 45 ust. 3a ustawy PIT) występuje, jeżeli składki podatnik odliczał od podstawy obliczenia podatku. Doliczenia dokonuje się w części, w jakiej kwota składek zdrowotnych odliczonych od podstawy obliczenia podatku mieści się w tej nadpłacie. Jeżeli zwrot poniesionych wydatków dotyczyłby kosztów, które zgodnie z przepisami podatkowymi nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, wówczas zwrócone wydatki nie będą dla podatnika przychodem podatkowym. W przypadku zaliczania zapłaconych składek na ubezpieczenie zdrowotne w trakcie roku podatkowego do kosztów uzyskania przychodów otrzymaną z ZUS nadpłatę tych składek należy zaewidencjonować jako pozostały przychód z prowadzonej działalności gospodarczej, ujmując jego wartość w kol. 8 PKPiR.

W przypadku ryczałtu zwrot nadpłaconej składki zdrowotnej za 2022 r. (wynikającej z rocznego jej rozliczenia) powoduje obowiązek doliczenia do przychodów zwróconych kwot w zeznaniu rocznym za 2023 r. (zgodnie z art. 21 ust. 2a ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym.). Doliczenia dokonuje się w części, w jakiej kwota składek zdrowotnych odliczonych od przychodów mieści się w tej nadpłacie (50%). W konsekwencji, zgodnie z art. 22 ust. 7c ustawy PIT w podatku liniowym zwrot składek oznacza konieczność korekty kosztów na bieżąco, o ile podatnik jest wciąż tak opodatkowany lub zrobienia korekty zeznania za poprzedni rok, jeżeli zmienił formę opodatkowania, zakończył działalność lub odliczał składki od dochodu, na ryczałcie - zwrot składek oznacza konieczność doliczenia składek w PIT-28 składanym za rok 2023 r. (50% zwrotu).