Instytucja depozytu nieprawidłowego nie jest często spotykana w zakresie jej stosowania na rynku. Zdarza się, że powołują się na nią podatnicy przy postępowaniach o nieujawnione źródła dochodów, licząc często na brak opodatkowania tej czynności. Depozyt nieprawidłowy został uregulowany w art. 845 ustawy kodeks cywilny. Uznawany jest albo za odmianę zwykłej umowy przechowania, instytucję odrębną od umowy pożyczki, albo odrębny typ umowy nazwanej. Uznaje się również, że depozyt nieprawidłowy (przechowanie nieprawidłowe) jest umową szczególnego rodzaju, zawierającą elementy przechowania i pożyczki.

W konsekwencji, do depozytu nieprawidłowego mają również zastosowanie przepisy dotyczące pożyczki. Wyraża się to w szczególności tym, że w takiej sytuacji własność pieniędzy (oraz innych rzeczy oznaczonych co do gatunku) przechodzi na przechowawcę. Różnica jednak polega na tym, że własność w ramach depozytu nieprawidłowego przechodzi z chwilą wydania pieniędzy (rzeczy oznaczonych co do gatunku), co stanowi jednocześnie przesłankę zawarcia tej umowy, natomiast umowa pożyczki jedynie zobowiązuje do przeniesienia na własność biorącego pieniędzy bądź rzeczy oznaczonych co do gatunku. Przedmiotem depozytu nieprawidłowego mogą być wyłącznie pieniądze lub rzeczy oznaczone tylko co do gatunku. Osoba biorąca pieniądze (rzecz) do depozytu nieprawidłowego ma obowiązek oddać taką samą ilość pieniędzy (rzeczy), ale niekoniecznie tę samą. Przyjmuje się również, że dopuszczalne jest zawieranie umowy depozytu nieprawidłowego, gdy jej przedmiotem mają być papiery wartościowe.

Oceniając skutki podatkowe takiej umowy, trzeba pamiętać, że jest to jedna z czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych (art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. j ustawy PCC). Umowa depozytu nieprawidłowego podlega 0,5% stawce opodatkowania. Obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania czynności cywilnoprawnej, czyli zawarcia umowy depozytu nieprawidłowego. Późniejsze wykonanie tej umowy do kwoty z niej wynikającej nie podlega po raz drugi opodatkowaniu, chyba że w wyniku tych czynności następuje zwiększenie podstawy opodatkowania, czyli zwiększenie kwoty depozytu nieprawidłowego. W przypadku gdy ma miejsce kilka umów depozytu nieprawidłowego każda z nich podlega odrębnemu opodatkowaniu.

Jeżeli umowa depozytu nieprawidłowego przewiduje wynagrodzenie, wówczas czynności związane z ustanowieniem depozytu nieprawidłowego będą spełniać definicję odpłatnego świadczenia usług w rozumieniu art. 8 ust. 1 ustawy o VAT i będą opodatkowane na zasadach ogólnych. W tym przypadku organy podatkowe uznają depozyt nieprawidłowy za odpłatne świadczenie usług, stanowisko takie zostało zaprezentowane m.in. w interpretacji Dyrektora KIS z 13 października 2017 roku (nr 0111-KDIB3-1.4012.297.2017.2.IK). Podobnie, w przypadku dokonania zwrotu towarów o innej jakości lub niebędących takimi samymi rzeczami oznaczonymi co do gatunku otrzymanych przez podmiot w ramach umowy depozytu nieprawidłowego na rzecz składających będzie stanowiło u podatnika odpłatną dostawę towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy (Dyrektor KIS w interpretacji z 9 lutego 2021 r., sygn. 0112-KDIL1-1.4012.518.2020.3.AW).

Skoro w niektórych przypadkach umowa depozytu nieprawidłowego będzie opodatkowana podatkiem od towarów i usług zastosowanie znajdzie wyłączenie określone w art. 2 pkt 4 ustawy o PCC, w przeciwnym wypadku umowa taka będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych.