Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych pozwala na wejście w CIT estoński w trakcie roku podatkowego. Zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT- zawiadomienie ZAW-RD może zostać złożone również przed upływem przyjętego przez podatnika roku podatkowego, jeżeli na ostatni dzień miesiąca poprzedzającego pierwszy miesiąc opodatkowania ryczałtem podatnik zamknie księgi rachunkowe oraz sporządzi sprawozdanie finansowe. W tym przypadku księgi rachunkowe otwiera się na pierwszy dzień miesiąca opodatkowania ryczałtem. W art. 12 ustawy o rachunkowości jest zamknięty katalog zdarzeń, które powodują otwarcie i zamknięcie ksiąg rachunkowych. Nie ma w tym katalogu żadnego zdarzenia, które wskazywałoby na sytuację wspomnianą w ustawie o CIT. Roczne sprawozdanie finansowe to sprawozdanie sporządzone na podstawie ksiąg rachunkowych za rok obrotowy (art. 12 ust. 2 pkt 1 uor).

Zamknięcie ksiąg rachunkowych na koniec miesiąca poprzedzającego pierwszy miesiąc opodatkowania ryczałtem oznacza przykładowo, iż wejście w ryczałt od lipca wymaga na koniec czerwca zamknąć księgi rachunkowe spółki. W takim przypadku następne sprawozdanie finansowe będzie sporządzone na koniec przyjętego przez jednostkę roku obrotowego, który w tych okolicznościach będzie obejmował okres krótszy niż 12 miesięcy. W takim przypadku nie ma podstaw do zmiany roku obrotowego spółki. Decyzja o przejściu na tzw. "estoński CIT" w trakcie roku podatkowego oznacza jego skrócenie. Dokonanie rozliczenia podatkowego za okres od początku bieżącego roku podatkowego do dnia zamknięcia ksiąg rachunkowych - przykładowo wejście w ryczałt od lipca oznacza, że ostatni rok podatkowy przed opodatkowaniem na zasadach ryczałtu będzie trwał od stycznia do czerwca.

W każdym przypadku podatnik przed przystąpieniem do opodatkowania w formie ryczałtu ma obowiązek dokonania ewidencyjnych wyodrębnień w kapitale własnym na ostatni dzień roku podatkowego poprzedzającego pierwszy rok opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek. Obowiązek ten obejmuje wyodrębnienie w kapitale własnym:

• kwoty zysków niepodzielonych i kwoty zysków podzielonych, które odniesiono na kapitały, a zostały wypracowane w latach poprzedzających pierwszy rok opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek oraz
• kwoty niepokrytych strat, które zostały poniesione w latach poprzedzających pierwszy rok opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek.