Od strony księgowej, w przypadku podmiotów prowadzących księgi rachunkowe, dotacja z ZUS do zakupu środków trwałych np. maszyny powinna być rozliczana w pozostałe przychody operacyjne równolegle do amortyzacji, natomiast dotację do szkolenia, które bezpośrednio obciąży koszty, ujmuje się bezpośrednio w pozostałe przychody operacyjne.

Z punktu widzenia podatku VAT, podstawę opodatkowania zwiększają tylko takie dofinansowania (dotacje), które mają bezpośredni wpływ na cenę. Oznacza to, że dofinansowanie podlega opodatkowaniu VAT jedynie wówczas, gdy stanowi dopłatę do ceny towaru lub usługi. Jako kryterium uznania dotacji za zwiększającą podlegający opodatkowaniu VAT obrót, należy wskazać związek danego dofinansowania z konkretną wykonywaną przez podatnika czynnością. Dofinansowania, których nie da się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, nie zwiększają podstawy opodatkowania VAT w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy VAT.

Dofinansowanie otrzymane z ZUS na poprawę BHP i wydatkowane na zakup środka trwałego nie generuje u podatnika obowiązku podatkowego w VAT. Podatnik ma prawo odliczyć VAT z zakupów poczynionych z otrzymanych środków z ZUS. Jeżeli natomiast podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego, wynikającego z faktury zakupu środka trwałego, to podatek ten zwiększa jego wartość początkową stanowiącą podstawę dokonywania odpisów amortyzacyjnych.

Dotacje, subwencje, dopłaty i inne nieodpłatne świadczenia związane z otrzymaniem, zakupem albo wytworzeniem we własnym zakresie m.in. środków trwałych, od których dokonuje się odpisów amortyzacyjnych, nie stanowią przychodu dla celów podatkowych. Reguluje to art. 14 ust. 2 pkt 2 ustawy o PIT. A więc środki pieniężne z ZUS otrzymane na rachunek bankowy tytułem dotacji na zakup środka trwałego (np. maszyny) nie stanowią przychodu podatkowego, a więc nie dokonuje się w związku z tym zdarzeniem zapisów dotyczących przychodów w księdze. W konsekwencji, na podstawie art. 23 ust. 1 pkt 45 ustawy o PIT, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów m.in. z tytułu zużycia środków trwałych od tej części ich wartości, która odpowiada poniesionym wydatkom na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie tych środków odliczonym od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym albo zwróconym podatnikowi w jakiejkolwiek formie.

Inaczej jednak będzie z dofinansowaniem do innych składników majątku niż środki trwałe.