Co do zasady, podatnik może w dowolnym roku z czterech lat zrezygnować z tej formy opodatkowania, na podstawie art. 28l ust. 1 pkt 1 ustawy CIT. Warunkiem jest jednak to, aby rezygnacja nastąpiła z końcem roku obrotowego (podatkowego). Nie jest dopuszczalna rezygnacja z ryczałtu w trakcie trwającego roku obrotowego (podatkowego). Potwierdził to organ podatkowy w interpretacji indywidualnej z 22 sierpnia 2022 r., sygn. 0111-KDIB1-1.4010.112.2022.1.BS. Informację o rezygnacji z opodatkowania ryczałtem zaznacza się w deklaracji CIT-8E składanej przez podatnika za ostatni okres opodatkowany ryczałtem, w części B.3 tego formularza.

Pierwsze skutki podatkowe mogą wystąpić z tytułu korekty wstępnej (w ramach tzw. różnic przejściowych) wykazanej w załączniku CIT-KW do CIT-8 złożonego za rok podatkowy poprzedzający wejście na „ estoński” CIT.  Jeśli w CIT/KW wystąpił dochód, tj. wykazano wyższą kwotę przychodów podatkowych nad kosztami, to zgodnie z art. 7aa ust. 5 pkt 1 ustawy CIT podatnik ma obowiązek zapłaty podatku dochodowego do końca pierwszego miesiąca następującego po ostatnim roku opodatkowania w ramach estońskiego CIT, jeżeli stosował opodatkowanie ryczałtem krócej niż 4 lata.

Kolejna sprawa to weryfikacja czy w ostatniej deklaracji CIT-8 sporządzonej za rok podatkowy poprzedzający wejście na ryczałt, podatnik rozliczył stratę podatkową z zastosowaniem szczególnych preferencji. Według art. 7 ust. 8 ustawy o CIT rezygnacja z estońskiego CIT przed upływem czterech lat podatkowych, w sytuacji gdy podatnik skorzystał z prawa do rozliczenia straty z lat ubiegłych dodatkowo ponad zasadę ogólną wynikającą z ustawy, powoduje utratę prawa do rozliczenia straty od dnia, w którym z niego skorzystał, co oznacza, że powinien przeliczyć wysokość zobowiązania podatkowego za te okresy, a tym samym ma obowiązek zapłaty podatku wraz z odsetkami za zwłokę.

Osiągnięte w okresie stosowania CIT estońskiego i nierozdysponowane zyski, stanowić będą dochody do opodatkowania. Jednak moment ich opodatkowania zależy od wyboru terminu wypłaty zysków przez samego podatnika, tj. może to nastąpić zarówno na etapie faktycznego rozdysponowania tych zysków (czyli już po zakończeniu stosowania CIT estońskiego), albo od razu po zakończeniu ostatniego roku obowiązywania ryczałtu. Podatnik nadal musi pamiętać o wyodrębnianiu w księgach rachunkowych zysków wypracowanych w latach po wyjściu z „estońskiego” CIT i pozostawieniu również wyodrębnionych na kontach analitycznych zysków osiągniętych w okresie opodatkowania ryczałtem.